Create a pc_otu class object
pc_otu(otutab = data.frame(), metadata = data.frame(), taxonomy = NULL, ...)an otutab data.frame, samples are columns, taxs are rows.
a metadata data.frame, samples are rows
a taxomomy data.frame, look out the rowname of taxonomy and otutab should matched!
add
pc_otu
data(otutab, package = "pcutils")
pc_tax1 <- pc_otu(otutab, metadata)
print(pc_tax1)
#> [1] "There are 485 otus and 18 samples!"
#> ======================================tbls======================================
#> =================otutab=================
#> NS1 NS2 NS3 NS4 NS5 NS6 WS1 WS2 WS3 WS4
#> s__un_f__Thermomonosporaceae 1092 1920 810 1354 1064 1070 1252 1597 1330 941
#> s__Pelomonas_puraquae 1962 1234 2362 2236 2903 1829 644 495 1230 1284
#> s__Rhizobacter_bergeniae 588 458 889 901 1226 853 604 470 1070 1028
#> s__Flavobacterium_terrae 244 234 1810 673 1445 491 318 1926 1493 995
#> s__un_g__Rhizobacter 1432 412 533 759 1289 506 503 590 445 620
#> s__un_o__Burkholderiales 886 683 824 912 1502 1029 235 252 359 381
#> WS5 WS6 CS1 CS2 CS3 CS4 CS5 CS6
#> s__un_f__Thermomonosporaceae 1233 1011 2313 2518 1709 1975 1431 1527
#> s__Pelomonas_puraquae 953 635 1305 1516 844 1128 1483 1174
#> s__Rhizobacter_bergeniae 846 670 1029 1802 1002 1200 1194 762
#> s__Flavobacterium_terrae 577 359 1080 1218 754 423 1032 1412
#> s__un_g__Rhizobacter 657 429 1132 1447 550 583 1105 903
#> s__un_o__Burkholderiales 387 351 551 540 477 559 513 496
#> =====================================metas======================================
#> ================metadata================
#> Id Group env1 env2 env3 env4 env5 env6
#> NS1 NS1 NS 3.057248 10.23571 5.554576 8.084997 25.00795 -1.15456682
#> NS2 NS2 NS 4.830219 11.13453 5.613455 8.556829 16.67690 0.81168745
#> NS3 NS3 NS 3.753133 10.06232 5.582916 10.226572 21.68926 1.40733211
#> NS4 NS4 NS 4.262264 10.84401 5.258419 9.002256 24.81046 1.47805320
#> NS5 NS5 NS 2.476135 7.52584 6.255314 9.357587 19.70553 0.05813095
#> NS6 NS6 NS 5.131004 10.82761 5.180966 8.141506 18.39021 -1.70032569
#> lat long
#> NS1 26.94422 103.4767
#> NS2 29.08733 109.6196
#> NS3 28.25164 104.0361
#> NS4 33.82415 106.8651
#> NS5 33.51011 105.4571
#> NS6 31.86864 102.7832
#> ======================================otus======================================
#> ================taxonomy================
#> NULL